W Instytucie Judaistyki działają trzy zakłady:
- Zakład Historii Żydów (kier. prof. dr hab. Adam Kaźmierczyk)
- Zakład Kultury Żydów (kier. dr hab. Leszek Hońdo)
- Zakład Historii Judaizmu i Literatur Żydowskich (kier. dr hab. Michał Galas prof. UJ)
oraz dwie pracownie:
- Pracownia Badań nad Historią i Kulturą Żydów w Polsce i Relacjami Polsko-Żydowskimi im. Marcella i Marii Roth (kier. dr hab. Michał Galas prof. UJ)
- Pracownia Badań nad Współczesnym Izraelem oraz Relacjami Polsko-Izraelskimi im. Teodora Herzla i Ozjasza Thona (kier. dr Ewa Węgrzyn)
Ponadto w gmachu IJUJ ma swoją siedzibę związana z Instytutem Judaistyki jednostka wydziałowa: