Zakład Historii Żydów powstał w roku 2000, w chwili przekształcenia Międzywydziałowego Zakładu Historii i Kultury Żydów Polskich w Katedrę Judaistyki. W MZHiKŻP istniała pracownia Historii Żydów, którą kierował dr Andrzej K. Link-Lenczowski. Od początku funkcjonowania Zakładu kieruje nim prof. A. Kaźmierczyk. Pracownicy Zakładu są z wykształcenia historykami lub historykami ze spec. judaistyka. 

Zakład prowadzi prace badawcze dotyczące dziejów Żydów od okresu nowożytnego do współczesności. Pracownicy Zakładu zajmują się w szczególności takimi tematami jak samorząd żydowski w okresie staropolskim, status prawny Żydów, problem konwersji, dzieje Żydów w Galicji i w Krakowie, historia współczesnego Izraela, Holokaust. Obecnie w Zakładzie przygotowywane są dwie prace doktorskie i dotyczą dziejów Żydów w Anglii oraz krakowskich Żydów w okresie Holokaustu. 

Pracownicy Zakładu prowadzą w IJUJ zajęcia z zakresu historii Żydów od średniowiecza do współczesności ("Dzieje Żydów w wiekach średnich", "Żydzi w dawnej Rzeczpospolitej", "Żydzi w XIX stuleciu", "Żydzi w Polsce w XX w.").

Zakład opracowuje dwie bazy danych: Samorząd Ziemski w Koronie oraz Katalog Judaików. Obecnie w Zakładzie realizowane są dwa zespołowe projekty badawcze finansowane przez Narodowe Centrum Nauki, oba dotyczące dziejów Żydów w XIX stuleciu. Więcej na ich temat można przeczytać w zakładce Nauka. Siedziba Zakładu mieści się w pokoju nr 3 (parter).