Instytut judaistyki prowadzi badania z zakresu historii, kultury i literatury żydowskiej oraz dotyczące dziejów judaizmu. Obejmują one okres od starożytności po czasy współczesne. Wśród specjalizacji pracowników instyutu są m.in.: dzieje Żydów w okresie nowożytnym, epigrafika nagrobna, etnografia żydowska, judaizm (w tym frankizm, sabataizm, nurty mistyczne), literatura i język hebrajski, literatura jidysz, dzieje Karaimów, dzieje Żydów w Galicji i w Krakowie, historia Żydów polskich po wojnie, współczesny Izrael. To tylko przykładowe tematy, zachęcamy do zapoznania się z wykazami naszych publikacji (zakładka "instytut/pracownicy") i opisami realizowanych projektów badawczych (zakładka "nauka/projekty").

Wśród pracowników instytutu są m.in. historycy, literaturoznawcy, hebraiści, religioznawcy. Wśród młodszych pracowników dominują osoby po studiach judaistycznych. 

Badania są realizowane w trzech zakładach: Historii Żydów, Kultury Żydów, Historii Judaizmu i Literatur Żydowskich. Przy instytucie działa ponadto od 2018 roku Pracownia Badań nad Współczesnym Izraelem oraz Relacjami Polsko-Izraelskimi im. Teodora Herzla i Ozjasza Thona. W budynku Instytutu swoją siedzibę ma Ośrodek Studiów nad Historią i Kulturą Żydów Krakowskich UJ.